Навчався в Одеському університеті, звідки був відрахований за участь у політичній організації «Народна воля». Після відмови використовувати протихолерну вакцинацію в низці країн Європи, Володимир Хавкін з 1896 року працював в Індії, де створив першу в історії вакцину проти чуми.